Le SEA met en œuvre les politiques relatives à l’agriculture dont les missions de paiement des aides de la politique agricole commune.

Il concourt à la gestion et au contrôle des aides publiques à l’agriculture.

Il contribue et met en œuvre les différentes politiques publiques relatives à l'accès, l'utilisation, et la préservation du foncier agricole (contrôle des structures, baux ruraux, SAFER, avis sur documents d'urbanismes....). Il participe au soutien des exploitations agricoles et des filières, en participant aux projets d’installation de diversification (circuits alimentaires de proximité, plan de relance, ...) de valorisation des filières agricoles, et en assurant la gestion des crises et des risques (pertes de fonds et ISN).

Il assure la gestion de la protection des troupeaux contre la prédation, en lien avec le SEF et l’Office Français de la Biodiversité.

Dans une démarche inter-service il est intégré aux projets et réflexions sur l’utilisation de l’eau en agriculture et les Énergies Renouvelables.

Il anime la commission départementale d'orientation de l'agriculture (CDOA) et participe activement à la commission départementale de la préservation des espaces naturels, agricoles et forestiers (CDPENAF).